口腔粘膜和皮膚病變的微觀表現基本相同，可概括為角化過度和不完全角化，基底細胞壞死液化變性伴粒細胞肥大，基底膜下有大量淋巴細胞浸潤。扁平苔蘚的病因不明，從臨床和基礎研究中發現有許多相關因素。目前，一般認為發病可能與神經精神障礙、病毒感染或自身免疫有關。據報道，該家族中存在相同的患者，是否與遺傳有關尚未得到證實。鏈黴素、異煙肼、氯磺脲和甲磺脲的應用可引起扁平苔蘚樣皮疹或加重疾病。
口腔粘膜和皮膚病變的微觀表現基本相同，可概括為角化過度和不完全角化，基底細胞壞死液化變性伴粒細胞肥大，基底膜下有大量淋巴細胞浸潤。此外，有時圓形的嗜酸性膠體(Givatte小體，小體)可見於棘層、基底層或結締組織，比棘細胞小，但膠體也可見於許多疾病，如盤狀紅斑狼瘡。電鏡下，基底細胞的橋粒和半橋粒被釋放和變性，導致大量炎性細胞浸潤，基底細胞與基底膜之間的間隙內形成上皮亞小泡。變性橋粒可能成為抗原並引起自身免疫反應，因此直接免疫熒光有時可以產生免疫複合物沉積在基底膜中產生的熒光。此外，可以看到基底膜的變化，不規則，增厚，破裂和重塑；基底膜的破裂導致炎症細胞進入棘層，棘層中的膠體可能是被巨噬細胞吞噬的變性或死亡的上皮細胞。
指甲和/或腳趾甲損傷通常是對稱的，但同時有十個手指(腳趾)指甲患者是罕見的。指甲體變得更薄和遲鈍，按壓時有凹陷，有時在指甲床上顯示紅色針狀圓點，診斷疼痛。車身A的表面可以表現為細小的縱槽，點間隙，切割面(如被鋒利的邊緣切割，呈平面)。嚴重的手指、腳趾甲損傷可使指甲體脫落，也可產生潰瘍壞死。在某些情況下，除手指(腳趾)指甲損傷外，還可能發生脫發。
皮膚損傷性扁平苔蘚是多種苔蘚皮膚病之一，其特點是扁平光澤紫紅色多邊形丘疹，綠豆大小等丘疹，邊界清晰，質地堅硬幹燥，融合後苔蘚等。損傷區域粗糙，丘疹之間可見皮膚皺紋，並且由於瘙癢而有許多劃痕。將石蠟油塗在丘疹表面，在放大鏡下觀察，可以看到細小的白色線條，稱為韋克漢姆線。皮損的治療效果一般優於粘膜。
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